Kolegium Jezuitów w Funchal zostało założone 20 sierpnia 1569 roku, z zarządzenia króla Sebastiana. Pierwsze zajęcia miały miejsce rok później, 6 maja, w święto Jana Ewangelisty patrona kolegium, kiedy to miała miejsce także oficjalna inauguracja placówki.

Pierwsze plany budynku powstały w 1575 roku i zostały przesłane do Rzymu w celu akceptacji. Pod koniec XVI wieku kolegium zostało umieszczone w swoim obecnym miejscu i szybko stało się jednym z najważniejszych miejsc na wyspie.

W przeciągu wieków jezuici maderscy rozwijali wiele inicjatyw religijnych i edukacyjnych w swoich dobrach. Nie wszystkie elementy architektoniczne, pochodzące z tamtego okresu, zachowały swój pierwotny kształt ze względu na zmiany jakim podlegał budynek po wypędzeniu jezuitów w 1759 roku.

Kolegium w Funchal odgrywało także ważną rolę na arenie międzynarodowej ze względu na obecność misjonarzy jezuickich, którzy przybywali na Maderę w trakcie swojej drogi na misje. Po krótkim odpoczynku i ostatnich przygotowaniach udawali się oni w celu ewangelizowania ludów pozaeuropejskich i zakładania kościołów i kolegiów w Ameryce Południowej, Afryce i Azji.

Również wiele ważnych postaci historycznych odwiedziło to miejsce. Wśród nich był Pedro da Fonseca (sławny teolog i filozof jezuicki, zwany również "Portugalskim Arystotelesem"), który wprowadzał poprawki do planów kolegium oraz król Karol (1889-1908), który odwiedził kompleks na początku XX wieku, kiedy miejsce to pełniło funkcje baraków wojskowych (z tyłu kolegium znajduje się aleja z symbolami jednostek portugalskich, które tutaj stacjonowały).

Do naszych czasów przetrwało niewiele elementów, które świadczyłyby o zamożności tej instytucji. Instrumenty liturgiczne i bogata biblioteka stały się własnością seminarium diecezjalnego i "rozpłynęły się" wśród dóbr diecezjalnych. Znakomita część wyposażenia kolegium została prawdopodobnie zrabowana przez Anglików lub uległa zniszczeniu. Obecny wygląd budynku stanowi odzwierciedlenie jego uniwersyteckiego charakteru. W momencie zakładania uczelni w Funchal planowano umieścić jej rektorat w Quinta do Monte (północna część miasta), a kolegium miało być miejscem edukacyjno-badawczym. Niemniej odstąpiono od tych planów i ostatecznie to kolegium stało się siedzibą władz uniwersyteckich. Z tego też powodu część wyposażenia Quinta do Monte (należąca do rodziny ostatniego cesarza austro-węgierskiego) została przeniesiona do dawnego kompleksu jezuickiego. Uniwersytet odziedziczył także pewne ruchomości po Instituto de Artes e Design da Madeira (Maderski Instytut Sztuki i Projektowania) oraz Escola Superior de Educação da Madeira (Wyższa Szkoła Maderska), które także możemy znaleźć w kolegium.

Od założenia kolegium jezuickiego do powstania Uniwersytetu Maderskiego, kompleks ten był zajmowany przez wiele różnych instytucji, które miały związek z edukacją. Wśród nich można wyróżnić pierwszą szkołę publiczną założoną w wyniku reform markiza de Pombal, seminarium diecezjalne, liceum i szkołę im. Gonçalves Zarco. Niemniej miejsce to było także zajmowane przez wojska angielskie i portugalskie oraz harcerzy.