Fondée le 20 Août 1569, par charte royale de D. Sebastião, le Collège des Jésuites de Funchal a commencé ses cours l'année suivante, le 6 Mai, jour de Saint­Jean l'Évangéliste, le saint patron auquel il est dédié.

A la fin du XVIème siècle le Collège a été déplacé vers sa localisation actuelle qui est devenu rapidement l'une des plus importants édifications de toute l'île de Madère. Construit avec des roches de l'île, le premier plan général du bâtiment fut envoyé à Rome en 1575, pour être examiné et approuvé par les autorités de la Compagnie.

Pendant des décennies les prêtres et les religieux de la communauté de la Compagnie de Jésus de Madère, ont développé l'enseignement et les activités religieuses et d'enseignement dans des plusieurs propriétés existantes à Funchal pendant le XVIème siècle. De ces constructions, il en subsiste très peu encore élevées et inchangées par le passage des siècles mais il est certain que ses caractéristiques n'étaient pas de la satisfaction totale des jésuites, lesquels ont pour cela fait plusieurs travaux de remodélations dans plusieurs de ses bâtiments.

Le Collège de Funchal a gagné en importance sur le plan international puisqu'en dehors de ses activités d'enseignement et religieuses habituelles, ses installations ont servi pour le repos et pour la préparation des religieux ignatiens qui, lors de leur passage par Madère, suivaient vers les nouveaux mondes pour fonder ou intégrer des collèges et des communautés jésuites en Amérique du Sud, en Afrique et un peu partout en Asie.

Aussi de nombreuses personnalités historiques étaient directement liées au Collège de Saint Jean Évangéliste. Parmi d'autres distincts visiteurs , sont passés par le Collège le Père Pedro da Fonseca (éminent théologien et philosophe jésuite à qui ont a appelé l'Aristote Portugais), qui a même fait des corrections sur le projet d'origine, et le roi D. Carlos, quand le bâtiment fonctionnait comme caserne d'infanterie et auquel il a offert un trottoir de Madère décoré avec les emblèmes des forces militaires qui y étaient stationnées.

Riche institution à l'époque des jésuites , il ne reste presque rien de son patrimoine à identifier comme tel. Les trésors religieux et l' importante bibliothèque (ou une librairie, comme on disait alors) ont servi le Séminaire Diocésain , se mélangeant au patrimoine de la Diocèse. Et, par références diffuses, on pense que beaucoup du mobilier jésuite aurait été emmené par les Britanniques ou détruit avec le temps et l'utilisation. La décoration actuelle du collège est directement liée à l'histoire de l'UMa. Avec sa fondation il y a eu la prétention d'installer le presbytère à la Quinta do Monte, laissant le Collège comme un édifice d'enseignement et de recherches. Ainsi, le mobilier qui était au service de la Famille Impériale Autrichienne exilée sur l'île est finalement descendu à Funchal, pour décorer le Collège. À cela se joignent des pièces héritées de l'Institut des Arts et du Design de Madère, de l'École Supérieure d'Éducation de Madère, qui ont fusionné avec l'UMa, parmi d'autres patrimoines acquis pour leur valeur patrimoniale.

Du Collège jésuite jusqu'au presbytère de l'Université de Madère, plusieurs furent les institutions qui ont passé par l'édifice du Collège, presque toutes liées à l'enseignement et l'instruction. Les cours publics des réformes du Marquis de Pombal, le Séminaire Diocésain, le Lycée, l'école Gonçalves Zarco, le Magistère Primaire et l'École Supérieure d'Éducation, tous ont siégé au Collège de Funchal. Mais des régiments anglais et portugais, au delà de la coopérative et de la Bande Militaire, y ont aussi siégé.