Fundado por el rey Sebastián I de Portugal el 20 de agosto de 1569, el Colegio de los Jesuitas de Funchal comenzó a impartir sus clases el 6 de mayo del año siguiente. Era el día de San Juan Evangelista, así que fue a este santo a quien se decidió consagrar esta nueva institución.

Los padres y religiosos de la comunidad jesuita en la isla desarrollaron durante décadas sus actividades lectivas y religiosas en una serie de propiedades que adquirieron en el Funchal de la época. Poco queda en pie o inalterado por el paso de los siglos de estas primeras construcciones empleadas por la Compañía, si bien si podemos decir que no eran del todo del agrado de los jesuitas y que, por ello, sufrieron diversas reformas.

A finales del siglo XVI, el Colegio fue finalmente trasladado a su actual localización. La nueva edificación se convertirá en seguida en una de los más importantes de toda Madeira. Construido con roca de la propia isla, sabemos que en 1575 una primera versión de la planta del edificio fue enviada a Roma a fin de ser revisada y, llegado el caso, aprobada por los mandos de la Compañía. El Colegio de Funchal fue ganando cada vez más importancia también en el plano internacional debido a que, aparte de para sus funciones lectivas y religiosas habituales, comenzó asimismo a ser utilizado como lugar de descanso y preparación para aquellos miembros de la Compañía que, de viaje a los "Nuevos Mundos", recalaban en Madeira antes de dar el salto a América del Sur, África o Asia, donde fundarían nuevas comunidades y colegios jesuitas o se integrarían en alguno de los ya existentes.

Varios personajes históricos han tenido también una relación directa con este Colegio de San Juan Evangelista. Entre otras personalidades ilustres, visitaron el Colegio el Padre Pedro da Fonseca, eminente teólogo y filósofo jesuita, apodado "el Aristóteles portugués", que llegó incluso a realizar algunas correcciones a la planta original del edificio, y el rey Carlos I de Portugal, este último ya en la etapa en la que el edificio servía de cuartel de infantería, a quien se obsequió con un empedrado madeirense decorado con los emblemas de las distintas unidades militares que habían estado allí estacionadas.

Rica institución en tiempo de los jesuitas, pocos de sus bienes han llegado, sin embargo, hasta nuestros días. Los tesoros religiosos y la destacada biblioteca acabaron por integrarse en los fondos del Seminario Diocesano, diluyéndose así dentro del patrimonio de la Diócesis. Asimismo, poseemos algunas vagas referencias que nos hacen pensar que buena parte del mobiliario original del Colegio fue llevado consigo por los ingleses o destruido por el paso del tiempo y su uso.

Todos los enseres que pueden verse hoy en día en el Colegio se encuentran directamente ligados a la historia de la Universidad de Madeira. En un primer momento, se pretendió instalar la rectoría de la recién fundada universidad en la Quinta do Monte, reservándose el Colegio como espacio lectivo y de investigación. De esta forma, todo el mobiliario que la familia imperial austríaca, la cual acabó sus días exiliada en Madeira, tenía en la Quinta acabó trasladándose al Colegio. Asimismo, a este se sumaron piezas heredadas del Instituto de Artes y Diseño de Madeira y de la Escuela Superior de Educación de Madeira, ambos integrados dentro de la Universidad de Madeira, además de otros bienes adquiridos por su valor patrimonial.

De colegio jesuita a rectoría de la Universidad de Madeira, fueron varias las instituciones que pasaron por el edificio del Colegio, la mayoría de ellas ligadas a la enseñanza y la instrucción. Las aulas abiertas de las reformas del Marqués de Pombal, el Seminario Diocesano, el Liceo, la Escuela Gonçalves Zarco, la Escuela de Magisterio Primario y la Escuela Superior de Educación, todos ellos estuvieron presentes en el Colegio de los Jesuitas, sin olvidarnos tampoco de los regimientos ingleses y portugueses aquí acuartelados, la Cooperativa Agrícola y la Banda Militar.